应急总医院北院区位于北京市朝阳区北三环西坝河18号正通创意中心院内，中国-上海合作组织紧急救灾部门应急医学救援合作中心、医学救援关键技术装备应急管理部重点实验室、国家应急医学研究中心研发教培基地、北京市红十字会应急救护培训基地、等均坐落于此。此外，国家尘肺病诊疗中心秘书长办公室，总医院应急医学建设办公室（中国红十字应急总医院红会办公室）、应急医学救援处、集采中心、融媒体中心、《中国心血管病研究》杂志编辑部、中心实验室等多部门也位于北院区内。

北院区现有学术报告厅、实操教室和数字教育示范基地，培训设施设备齐全，曾多次承担国内外交流、观摩、培训等任务。